При ликвидации предприятия урегулирование вопросов с налоговой службой, ПФР и ФСС занимает достаточно длительное время. Однако во избежание штрафов и многочисленных санкций следует строго соблюдать порядок и очередность снятия с учета в этих организациях.
Первым шагом при начале ликвидации должно стать обязательное уведомление органов государственной регистрации для снятия с учета в едином реестре. До июля 2013 г. организация обязана была сообщать о прекращении деятельности также в налоговые органы. В настоящее время информация об этом передается из ЕГРЮЛ и такое сообщение не обязательно. 
Однако уведомлять органы страхования и ПФР необходимо в течение первых 3 дней (ФЗ № 212-ФЗ) с момента принятия решения об упразднении. При закрытии только обособленных подразделений, выделенных на отдельный баланс и самостоятельно оплачивающие страховые взносы, срок уведомления – 10 дней.
Внебюджетные фонды смогут снять с учета предприятие только после получения уведомления от налоговых органов. Фонд социального страхования обязан принять решение о снятии с учета в течение 14 календарных дней с момента подачи заявления. Срок снятия с учета в ПФР – 5 дней.
Законом № 212-ФЗ в июне 2009 г. отменена обязанность информирования этих фондов о закрытии расчетного счета. Изменения, принятые в этом же законе, позволили уведомлять эти организации о факте снятия с учета не только в письменном виде, но и с использованием сети Интернет при наличии юридически заверенной электронной подписи.
Как налоговая служба, так и ПФР и ФСС вправе назначить полную плательщика и сверку по всем платежам. Независимо от сроков предыдущей инспекции, налоговая служба обязательно проводит выездную полную проверку предприятия, находящегося в стадии ликвидации, которая, как правило, длится в 2-3 месяца. Сверка ведется за последние 3 года. В случае выявления задолженности по налогам компания будет полностью оплачивать не только все долги, но и штрафы и пени по ним. Сумма задолженности исчисляется на основании акта проверки.
Если ПФ и ФСС являются кредиторами по неуплаченным взносам, кроме основного, ведется промежуточный баланс ликвидации. При необходимости также проводится инвентаризация. 
Все обязанности по перечислению налогов для данной юридической организации возложены на ликвидационную комиссию (Налоговый Кодекс, ст. 49). Причем при продаже имущества или иных активов она обязана также оплатить соответствующие налоги, связанные с продажей (налог на прибыль и НДС). Причем в налоговые органы по каждому из налогов предоставляется отдельная декларация. При недостатке денежных средств недостающая сумма погашается учредителями организации.
Если предприятие упраздняется путем реорганизации (поглощения, слияния и пр.), которая влечет за собой упразднение ранее существовавшего предприятия, то происходит правопреемство. В подобном случае погашение неисполненных обязательств, которые возникли на момент реорганизации, не происходит, так как они переходят к правопреемнику.